1、法学
日本的法系与中国的法系不尽相同，但是这并不能阻碍中国学生赴日攻读法学专业的热情。同时日本的国际法（包括国际公法和私法）研究具有相当的实力，特别是东京大学的法学部和京都大学的法学部实力超群。

2、工学
日本的工学科研实力世界顶尖，特别是机器人、材料等领域的研究更是领先世界。中国大学的工学专业设置和日本基本相同，在专业对口性上基本问题不大。不过也有少数专业在日本没有对口专业，比如说测绘专业，在日本的国立大学中基本上没有该类专业的设置。
不过可以在防灾等分野找到类似的专业。另外日本除了多家综合性大学工学研究实力强劲外，有几家专业性的工业大学研究实力也相当可观，比如说东京工业大学，电气通信大学，名古屋工业大学，九州工业大学等，这些也是可以选择申请的学校。

3、理学（物理、数学、天文、地理等）
理学方面，日本大学在这一领域内的表现更是让人感到敬佩，近几年诺贝尔奖的物理和化学奖项的日本籍获奖者就是最好的证明。
一般来说理学研究科有以下几个专业方向：数学、物理学、天文学、化学、生物科学，地理学等。一般还会有几个附属的研究所，主要承担研究任务。研究科承担教学任务，分工相对比较明确。对于工科和理科的学生的日语要求，普遍比文科的学生要低一些，基本上只要相当于二级水平就可以。